Running the Basic Model

library(discent) 

***

data("IBD_simulation_data")

start_params <- rep(0.3, 3)
names(start_params) <- 1:3
start_params <- c(start_params, "m"= 250)

#run
ret <- discent::deme_inbreeding_spcoef_vanilla(discdat = IBD_simulation_data,
                                       start_params = start_params,
                                       learningrate = 1e-3,
                                       lambda = 0.01,
                                       m_lowerbound = 0,
                                       m_upperbound = Inf,
                                       b1 = 0.9,
                                       b2 = 0.999,
                                       e = 1e-8,
                                       steps = 1e4,
                                       thin = 1,
                                       normalize_geodist = TRUE,
                                       report_progress = TRUE,
                                       return_verbose = TRUE)
#>       DISC step 100
#>       DISC step 200
#>       DISC step 300
#>       DISC step 400
#>       DISC step 500
#>       DISC step 600
#>       DISC step 700
#>       DISC step 800
#>       DISC step 900
#>       DISC step 1000
#>       DISC step 1100
#>       DISC step 1200
#>       DISC step 1300
#>       DISC step 1400
#>       DISC step 1500
#>       DISC step 1600
#>       DISC step 1700
#>       DISC step 1800
#>       DISC step 1900
#>       DISC step 2000
#>       DISC step 2100
#>       DISC step 2200
#>       DISC step 2300
#>       DISC step 2400
#>       DISC step 2500
#>       DISC step 2600
#>       DISC step 2700
#>       DISC step 2800
#>       DISC step 2900
#>       DISC step 3000
#>       DISC step 3100
#>       DISC step 3200
#>       DISC step 3300
#>       DISC step 3400
#>       DISC step 3500
#>       DISC step 3600
#>       DISC step 3700
#>       DISC step 3800
#>       DISC step 3900
#>       DISC step 4000
#>       DISC step 4100
#>       DISC step 4200
#>       DISC step 4300
#>       DISC step 4400
#>       DISC step 4500
#>       DISC step 4600
#>       DISC step 4700
#>       DISC step 4800
#>       DISC step 4900
#>       DISC step 5000
#>       DISC step 5100
#>       DISC step 5200
#>       DISC step 5300
#>       DISC step 5400
#>       DISC step 5500
#>       DISC step 5600
#>       DISC step 5700
#>       DISC step 5800
#>       DISC step 5900
#>       DISC step 6000
#>       DISC step 6100
#>       DISC step 6200
#>       DISC step 6300
#>       DISC step 6400
#>       DISC step 6500
#>       DISC step 6600
#>       DISC step 6700
#>       DISC step 6800
#>       DISC step 6900
#>       DISC step 7000
#>       DISC step 7100
#>       DISC step 7200
#>       DISC step 7300
#>       DISC step 7400
#>       DISC step 7500
#>       DISC step 7600
#>       DISC step 7700
#>       DISC step 7800
#>       DISC step 7900
#>       DISC step 8000
#>       DISC step 8100
#>       DISC step 8200
#>       DISC step 8300
#>       DISC step 8400
#>       DISC step 8500
#>       DISC step 8600
#>       DISC step 8700
#>       DISC step 8800
#>       DISC step 8900
#>       DISC step 9000
#>       DISC step 9100
#>       DISC step 9200
#>       DISC step 9300
#>       DISC step 9400
#>       DISC step 9500
#>       DISC step 9600
#>       DISC step 9700
#>       DISC step 9800
#>       DISC step 9900
#>       DISC step 10000